1、广大农村地区缺乏完善的污水收集系统
广大农村地区经济发展水平相对较为滞后，由于受到经济条件和环保意识的影响，广大农村地区每天所产生的污水都主要通过名渠或者暗管排放。由于农村生活污水收集缺乏必要的基础设施，不能够实现雨污分离，因此收集到的污水成分含量较为复杂。另外由于污水和雨水混合，使得污水当中的污染物浓度被大量稀释，这也会影响到污水的集中收集和集中处理。农村地区农村生活污水治理难，主要是因为排放粗放和管网系统缺乏，从而造成了污水地面径流和污水向下渗透，影响到居民的正常生产生活，造成地上用水严重污染。
2、污水治理技术不符合实际要求
我国地大物博，不同地区的地理条件和生活习惯存在很大差异性，这就造成了不同农村地区的实际情况存在千差万别。因此在对农村生活污水进行治理过程中，不能够一概而论，也不能够推广应用一种污水治理技术。很多农村地区在进行农村生活污水治理过程中，过分追求低投资、低运行费用，在实际处理过程中所选择的污水治理技术和实际情况不相符，污水处理效率较低，处理后得到的处理用水污染物含量依然较高，对周围生态环境造成的危害十分严重。在实际的农村生活污水治理过程中，整个治理体系的运行需要一定的运行费用。在具体的技术方式选择方面，应该综合考量技术的适应性以及当地的实际情况。不能够将不同地区的农村生活污水按照同一技术方案进行处理。
3、污水处理设施运行不到位
农村生活污水治理是一个巨大工程和系统性的工程，由于农村覆盖面较广，每天所产生的污水量巨大，在污水治理过程中往往需要投入较大的资金。通常情况下，如果一个村集体想要构建一套完善的农村生活污水治理系统，需要投入几十万甚至上百万元的资金。但现阶段我国城乡差距还比较大，村集体的经济发展能力较差，经济收入水平较低，农村地区很难投入充足的资金用于完善的生活污水治理体系建设。即便是上级政府部门能够给予一定的资金支持，但是农村生活污水治理的费用只占到整个农村环境综合治理的一小部分，投入的资金有限，工程建设压力较大。有些地方政府部门只注重农村生活污水治理体系建设，忽视了整个系统后期运行的有效管理，造成很多污水治理设施在短期内会出现运行故障，影响到资金的高效利用。农村生活污水治理系统出现运行故障之后，也需要进行一定的维修，但由于维修费用高昂无法承担，导致很多处理设施闲置，不能够得到有效的利用。另外在广大基层地区，农村污水处理设施缺乏有效的管理人员，由于整个工作系统长期无人维护与无人管理，人为破坏严重，污水处理效果逐渐下降，很容易造成处理后的污水产生二次污染。